新冠病毒到底突變了沒有？這個問題之前引發了學術爭議。3 月 26 日晚，中國科學院副秘書長、中國科學院院士周琪表示，新冠病毒在中國依然沒有發生重大突變，這跟國外的情況不太一樣。

生命時報報道稱，周琪院士表示病毒需要存活下來，所以變異是病毒發展過程中必然發生的事情，到現在全球已經有很多文章在描述病毒發生變異的情況。

周琪院士稱，從中國的情況來看，病毒變異發生得并不顯著。我們從 1 月 11 日發現病毒，測了全序列之后，到今天依然沒有發現有重大的突變發生，跟國際上其他國家發現的情況是不太一樣的。

3 月 3 日，中國科學院主辦的《國家科學評論》 ( National Science Review ) 發表論文《關于 SARS-CoV-2 的起源和持續進化》指出，通過對目前為止最大規模的 103 個新冠病毒全基因組分子進化分析，發現新冠病毒已經在近期產生了 149 個突變點，并演化出了兩個亞型，101 個都屬于這兩種亞型。

不過 3 月 12 日，論文通訊作者陸劍研究員、崔杰研究員發表了補充性聲明，稱原論文中的用詞 " 侵略性 " 具有誤導性，應該用更精確的術語 " 更高的頻率 " 代替，將在論文印刷版本中進行更正。